故事从美国nerv分部开始，eva 5号机出击迎战第三使徒。新人物玛丽口癖为“にゃ”(喵)。5号机在与使徒的战斗中落于下风，玛丽启动自爆装置与使徒同归于尽，插入栓及时弹出。
加持回归，带给碇源堂一个箱子，打开看是一个酷似人参的钥匙，碇源堂形容这是“关键的钥匙”。
蜘蛛使徒入侵第三新东京市(新的蜘蛛使徒很帅！)。明日香驾驶2号机登场(飞行兵装)，飞踢击败使徒。
明日香现身，声音有点不一样(宫村声音有点小不一样啊……)
后宫部分开始，明日香进驻美里家。同时邪恶的酒瓶和吸管出现，penpen和真嗣脸红——美里语：你们两个(真嗣和penpen)更加坦诚一点就好了~
丽在自己家的孤独和美里家的热闹形成鲜明对比，丽再塑造开始。
学园线进入，真嗣送便当给丽，丽说出对碇源堂没有说过的话：谢谢。然后丽晚上回家趴床，心里出现极大变化。
明日香开始感觉孤独“一直都是一个人的，一直以为孤独对我是不存在的。但是现在为什么？”然后清醒地走到真嗣的地铺上睡下，真嗣吓坏。明日香同意真嗣叫自己asuka而不是shikinami(式波)。
丽、明日香、真嗣以及东治几人参观加持的海洋馆。丽在一个圆柱形水箱面前看着里面的鱼沉默不语，真嗣说这些鱼要能在更大的地方游就好了啊，丽说：不可能，无法存在于这里之外。
第二天丽缺席，被关在TV版里也有的橙色圆柱形容器里泡着。碇源堂说：吃饭吧。
两人吃饭，丽问：司令，吃饭，很开心吗？ 碇源堂：嗯。 丽：司令，做饭，很开心吗？ 碇源堂：啊。 丽：司令，大家一起吃一次饭怎么样？ 碇源堂：不我没那个时间……(在丽身上看见唯的影子)啊，好吧。
丽开始学做饭，切伤手去学校。真嗣发现创可贴询问丽怎么了，丽说：秘密。等更熟练了之后告诉你……
明日香看到一切，扭头。
美里回家发现明日香在做饭……
玛丽空降到达日本，先是给在学校楼顶的真嗣以双乳夹头必杀，然后是女上男下式体位诱惑，再以找眼镜为由向真嗣展示丰臀……
碇源堂和冬月前往月球(确认是月球，冬月说了“月面”二字)。看见6号机和渚熏，渚熏宇宙真空可呼吸，并看着碇源堂说：初次见面，父亲。(月球俯瞰地球，一半海洋被染成红色，疑是第二次冲击造成)
第八使徒入侵，美里指挥作战。3驾驶员合力战胜第八使徒，真嗣真男人！战斗场面极其壮丽。
加持在NERV基地内看见真嗣坐在售货机前，走上前说：约会怎么样？ 真嗣：我、我是男的！！ 加持：没关系，在爱面前都一样！然后加持作势强吻真嗣，“开玩笑的……”
3号机运抵日本，将要进行测试，测试当天东治去接妹妹出院了，所以驾驶员不是东治了。本来定为丽为测试员，而明日香发现测试那天是丽想要请碇源堂以及真嗣吃饭的日子，偷偷要求更改驾驶员。明日香负责测试启动。
丽通过律子打电话给明日香，说了声：谢谢。
明日香在换驾驶服的时候给美里打电话，意识到不是一个人，有人在身边太好了。
可惜不久之后悲剧开始。
三号机被第九使徒入侵，明日香超过插入栓危险深度。插入栓内映像模拟不能。
碇源堂的车在前往真嗣家接真嗣的时候接到消息，在真嗣面前180漂移，前往丽家，丽在家做饭被打断，背景为扣在桌子上的4个碗。
初号机出击，真嗣看清楚使徒是3号机，不愿战斗。dummy系统启动，初号机爆发，神音乐响起。撕烂3号机，咬碎明日香的驾驶舱。真嗣怒了。
真嗣驾驶初号机爬上NERV本部，质问碇源堂。碇源堂下令提高LCL浓度，可怜的真嗣像小鸡一样被弄晕了。NERV确认明日香死亡。
真嗣苏醒之后离开NERV。
第十四使徒来袭。被封印的二号机神秘启动迎战，驾驶员为眼镜娘玛丽。
普通模式的二号机被第十四使徒SM，玛丽非常帅气地站起，“切换模式，里·模式，野兽模式启动。”
二号机爆种，身上出现很多插入栓似的东西，同时长出獠牙。这个模式驾驶员和EVA本身都要承受相当的痛苦。
二号机依然被SM..丽在垃圾桶里捡到真嗣的磁带机(破里磁带机是个关键道具，真嗣说戴着它“封闭心和耳朵，从这个讨厌的世界隔离”)，并带上零号机。
零号机出动，带着N2诱导弹要与使徒同归于尽。在第十四使徒强大的AT FIELD面前受阻(十四号使徒的AT FIELD华丽到一定境界，都成为攻击手段了)。重伤的二号机起身撕开使徒的AT FIELD，可惜使徒及时保护自己的核，N2爆炸，丽回头对玛丽说：躲开。
零号机爆炸。使徒没事，二号机救出避难的真嗣。
使徒在真嗣面前吃掉零号机。丽死亡。使徒胸部以下变成女体。
真嗣要求再次登上初号机。并在使徒侵入NERV快要毁掉基地之前阻截成功，娴熟地将自己和使徒发射出基地。
初号机能源用光，沉默。真嗣眼睛变红，整体暴走。初号机再启动。
初号机头顶出现光圈。断去的手臂再生。
神音乐再次想起，据我自己听像是翼をください的慢版。场面开始无比震撼，语言描述不能。
初号机双手悬在使徒的核心上，真嗣：我怎么样都无所谓，世界怎么样都无所谓，总之把丽还给我！！！！
嗣灵魂深入使徒内部，呼唤丽。丽抱膝而坐。真嗣拼死向前。丽被感动，伸出手，真嗣抓住。
初号机从使徒身体里抽出丽的灵魂。初号机获得生命之果。
律子说：第三次冲击开始了...
片尾曲开始播放，依然是beautiful world。
片尾曲之后，渚熏驾驶六号机出现，并用朗基努斯之枪钉穿正在神化的初号机。神迹开始消失。
渚熏最后结语：现在开始，开始实现只有你的幸福。真嗣。
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